Speciálně vycvičený bývalý agent člen jednotky FOXHOUND agent Solid Snake je povolán zpět do akce,aby se znova věnoval tomu, co umí nejlépe - zabranit krizi celosvětových rozměrů.Vražedný tým odpadlíků jednotky FOXHOUND převzal kontrolu nad zařízením pro likvidaci nukleárních zbraní na aljašském ostrově Shadow Moses.V úspěšném dokončení mise se Snakeovi snaží zabranit komanda s vymytými mozky, vojsko s vylepšenou DNA a šest prvotřídních zabijáků obdařených neobyčejnými schopnomi.Šance zastavit jadernou katastrofu je mizivá, avšak věci nemusí být takové, jakými se zdají ...