Wagner byl historikem a teorerikem umění a především památkářem. Vystudoval dějiny umění a klasickou archeologii na Karlově Univerzitě v Praze. Roku 1919 vstoupil do Státního památkového úřadu v Praze. Roku 1921 nastoupil do funkce lektora pro obor památkové péče na katedře dějin umění u prof. Vojtěcha Birnbauma. Za druhé světové války spravoval památkový úřad, v této funkci setrval až do roku 1948, kdy byl zproštěn svého místa. Roku 1949 byl zatčen a odsouzen ve vykonstruovaném procesu k vězení v Mírově a Leopoldově. Po mnoha letech byl omilostněn a dožil v Praze v domě pro zrakově postižené.
