I "Bødlen" følger vi mester Johan, der frygter at henrette en uskyldig. Da han står over for en sådan situation, må han finde den sande skyldige for at få fred med sin samvittighed. I 1500-tallets samfund er bødlen udstødt, og han må navigere blandt borgere for at opklare mordet.
Hvem er den hemmelige jomfru? Og hvad ligger bag mordet på ladefogeden Jørgen Henriksen? Konrad Rosenfelt undersøger mysteriet med pastor Berners hjælp, der fører dem gennem 1780'ernes Danmark, hvor de konfronterer en sammensværgelse, der er villig til at dræbe for at beskytte deres hemmeligheder.