Transkriptomanalyse von rekombinanten CHO-Zellen

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Die Methoden der Transkriptomanalyse ermöglichen globale Untersuchungen auf Transkriptlevel, auch in der Zellkultur, um Rückschlüsse auf die Biopharmazeutika-Produktion zu ziehen. Im Fokus dieser Arbeit steht die Etablierung einer Methode zur Transkriptomanalyse für Chinese Hamster Ovary (CHO) Zellen. Ziel war die Entwicklung eines CHO-spezifischen Microarrays, genannt CHO41K, zur Anwendung in relevanten Fragestellungen. Der Microarray basiert auf einem breiten Spektrum von CHO-Sequenzen und umfasst 41.304 Probes, die nahezu das gesamte Transkriptom von CHO-Zellen abdecken. Die Ergebnisse des Microarrays wurden durch quantitative real-time reverse Transkription PCR verifiziert und zeigten nachvollziehbare und solide Resultate. Zu den Anwendungen zählen die Analyse des metabolischen Shifts von Laktatbildung zu -verbrauch, der Vergleich zweier Kultivierungssysteme mit unterschiedlichen Homogenisierungstechniken und die Untersuchung transkriptioneller Unterschiede in identisch geführten Kulturen. Diese Anwendungen demonstrieren, dass der CHO41K Microarray eine umfassende Untersuchung des Transkriptoms zu verschiedenen Fragestellungen ermöglicht. Durch den Einsatz des Microarrays können Hypothesen aus der Literatur unterstützt und vertieft werden, was zu einem besseren Verständnis der biologischen Prozesse in CHO-Zellen beiträgt.